Hver lokal menighed er på alle måder selvstændig. Kirken på landsplan har ingen myndighed over de lokale menigheder, hverken over deres liv og lære, organisation eller økonomi.

Fælles er dog, at såvel menighederne som Baptistkirken i Danmark er demokratisk opbygget, med samtalen i centrum. I menighederne er det menighedsmødet, der er den øverste myndighed. Her har alle medlemmer tale- og stemmeret. Menighedsmødet vælger et menighedsråd, som fører de fælles beslutninger ud i livet.

I Baptistkirken i Danmark er det Landskonferencen, som er øverste myndighed. Her har alle baptister taleret, mens menighedernes delegerede har stemmeret. Imellem de 2 årlige landskonferencer ledes BaptistKirken af den valgte ledelse, bistået af en ansat stab og en række udvalg.