Arbejdet i Baptistkirken i Danmark er opdelt i en basisdel og en projektdel.
Basisdelen består, som navnet beskriver, i det basale arbejde som kirkesamfund: samarbejde mellem menigheder, afholdelse af landskonference, kurser og temadage, udvalgsarbejde, samarbejde med kirkelige organisationer i ind- og udland, kontakt til myndigheder og lignende opgaver. Opgaverne er typisk karakteriseret ved at være løbende.
Andre opgaver ligger i projektdelen. Et projekt er typisk en opgave, som har et klart defineret formål, er tidsmæssigt afgrænset, og er økonomisk selvbærende. Der findes forskellige slags projekter i BaptistKirken:
- Fællesprojekter er projekter, som fundraises og administreres af Baptistkirken i Danmark. Projekterne kan køre i ind- eller udland, og kan ledes af ansatte, udvalg eller projektgrupper.
- Menighedsprojekter drives af én eller flere menigheder. BaptistKirken kan være involveret i større eller mindre grad, men projektansvaret ligger hos menigheden/menighederne.
- Eksternt finansierede projekter er typisk projekter som afvikles i samarbejde med BaptistKirkens partnere i den 3. verden. Projekterne finansieres af fx Danidamidler gennem Center for Kirkeligt Udviklingsarbejde (tidligere DMRU) eller Civilsamfund i Udvikling (CISU), og administreres af Baptistkirken i Danmark
